もろ手をかざし、若人が力強く大地を踏みしめて雄々しく伸び立とうとしている姿。それが同時に高校の「高」の文字を現している。 双方へ45度に延びる3本の線は人間の真理探究と、優雅な友愛心そして自律を重んずる自覚を示すものである。 富士、箱根、天城の水を集め永遠に清らかな校風をうちたてて行こうとする心情をも示している。
（第5代校長 亥角峰吉先生の図案による）
現在の三島南高校歌 伴奏のみ
昔（三島商業時代）の校歌
校章の変遷
三島町立三嶋商業學校
大正8年（1919年）開校
三島市立三島工業学校
昭和19年（1944年）転換
静岡県三島工業学校
併立 三島中学校
昭和20年（1945年）併置
静岡県三島商業学校
三島中学校
三島工業学校
昭和21年（1946年）復元
三島市立三島商業学校
(財)東静商業学校
三島化学工業学校
田方商業学校
昭和22年（1947年）併合
併設：三島中学校
静岡県立三島第二高等学校
昭和23年（1948年）改称
静岡県立三島南高等学校
昭和24年（1949年）改称
歴史
| 大正8年3月 | 三島町議会、町立三嶋商業學校設立を決議 |
|---|---|
| 大正8年5月 | 町立三嶋商業學校として開校 |
| 大正12年9月 | 関東大震災のため校舎・講堂・寄宿舎大破 |
| 昭和5年11月 | 北伊豆大震災のため校舎・講堂・寄宿舎大破 |
| 昭和6年9月 | 校舎等震災復旧工事完成 |
| 昭和19年4月 | 戦時非常措置により三島工業学校に転換 |
| 昭和20年4月 | 三島中学校新設認可、本校に併置 |
| 昭和21年4月 | 校名三島商業学校に復元、定員500名、10学級 |
| 昭和22年4月 | 私立東静商業学校を併合、三島中学校を併設 |
| 昭和23年4月 | 県立移管、学制改革により新制高等学校に昇格 「静岡県立三島第二高等学校」と改称、定員900名 |
| 昭和23年5月 | 校訓「自覚」綱領制定 |
| 昭和24年4月 | 「静岡県立三島南高等学校」に改称 |
| 昭和29年12月 | 本校南側より出火 |
| 昭和31年5月 | 本館・家庭館竣工 |
| 昭和32年8月 | 体育館兼講堂竣工 |
| 昭和32年10月 | 第12回国民体育大会剣道会場となる |
| 昭和43年3月 | 格技場新築工事竣工 |
| 昭和44年10月 | 創立50周年記念式典挙行 |
| 昭和48年3月 | 新館第一期工事（被服室・科学室等）竣工 |
| 昭和49年3月 | 新館第二期工事竣工 |
| 昭和49年6月 | 中庭（希望の庭）・塑像（凌雲）完成、同窓会寄贈 |
| 昭和54年3月 | 体育館竣工 |
| 昭和54年7月 | 同窓会館竣工、名称「函嶺会館」とする |
| 昭和54年9月 | 創立60周年記念式典挙行、記念誌「あゆみ」発行 |
| 平成元年9月 | 創立70周年記念式典挙行 |
| 平成3年8月 | 全国高校総体、男子バレーボール会場となる |
| 平成13年3月 | 三島市大場に新校舎竣工 |
| 平成13年4月 | 単位制普通科高等学校へ移行、生徒数731人 |
| 平成13年10月 | 校舎落成兼創立80周年記念式典挙行 |
| 平成15年2月 | 商業科閉科式挙行 |
| 平成21年11月 | 創立90周年記念式典挙行 |
| 平成22年8月 | 海外研修旅行「三南の翼」スタート（第1回上海） |
| 平成26年2月 | 全教室エアコン設置（100周年記念事業） |
| 平成30年5月 | 創立80周年時タイムカプセル開封 |
| 平成30年8月 | 全教室ICT設備設置（100周年記念事業） |
| 令和元年6月 | 創立100周年記念大会挙行 |